隨著醫學的發展，人們也注意到，在人類的腸道，尤其是結腸（也就是平常所說的大腸）中，也存在著大量微生物。這些以細菌為主的微生物種類極多，數量極大。據推測，一個正常成人體內，腸道內的細菌總重量可達1-1.5千克，包含的細菌數量則可以達到1014個。而一個成年人自身的細胞數量為1013個，也就是說，居住在我們腸道內的細菌數量，是人體細胞總數的10倍！我們每天排出的糞便中，干重量的50%以上是由這些細菌及其“尸體”構成的。因此有人風趣的說，從數量上來看，我們人類并不應該被稱為人類，而應被稱作細菌。如此龐大的細菌群體駐扎在腸道內，構成了一個極為復雜的集體。這個集體，就被稱作腸道菌群。

腸道菌群是“外來戶”

    腸道菌群并非是生來就有的，它們實際上是“外來戶”。在母體子宮內，胎兒所處的是一個幾乎無菌的環境，因此胎兒腸道內也是無菌的。當胎兒出生之后的幾天內，細菌通過分娩時陰道物質攝入、哺乳時的口腔攝入以及空氣吸入等途徑進入新生兒體內，并在腸道內定植，形成新生兒最初的腸道菌群。隨著嬰兒的成長，腸道菌群的種類結構逐漸趨于穩定，最終形成成熟的腸道菌群。這些微小的生物的群體就這樣不知不覺的定居到人體之內，悄無聲息的與主人相隨一生。

復雜但組織嚴密的群體

    腸道內如此之多的細菌，并非雜亂無序的駐扎在腸道內。相反，對于一個正常人體來說，腸道菌群具有一定的組成結構。據估計，人體腸道菌群可包括500-1000種細菌，不過種類雖多，但各種細菌的數量差別卻很懸殊：占細菌總數數量99%以上的細菌是由其中30-40種細菌構成的，其他多種細菌則只占到很小的比例。目前，已經鑒定出的細菌類群有百余個，包括擬桿菌、雙歧桿菌、乳酸桿菌、芽孢桿菌、腸球菌、腸桿菌等。這些細菌根據其在腸道內不同的生理功能被分為三大類：共生菌、條件致病菌和病原菌。

共生菌

    所謂共生菌，故名思議，它和我們人體是互利共生的關系。簡單的說，就是人體為細菌的生活提供生存場所和營養，而這些細菌則為人體產生有益的物質和保護人類健康。前面說到的雙歧桿菌、乳酸菌、擬桿菌等，就是共生菌的典型例子。共生菌一般都是專性厭氧菌，從數量上說，它們占據了腸道菌群所有細菌數量的99%以上，是腸道菌群的主體。

    條件致病菌在腸道菌群內數量較少。它們從功能上來說是腸道內的“看客”。在正常條件下，由于大量共生菌的存在，這些“看客”并不容易繁殖開來造成危害。但若在一定條件下任由它們繁殖，那么就會對機體產生不良印象。腸道菌群中，常見的條件致病菌大多是腸球菌、腸桿菌等。

    腸道內的還有那么一小撮分子，它們在一般不常駐在腸道內。但是若不慎攝入，則有可能在腸道內大量繁殖，然后興風作浪，導致疾病。這些就是致病菌。在致病菌的名單中，一些名字可以說臭名昭著，例如引起食物中毒的沙門氏菌、導致腹瀉的致病性大腸桿菌等。

    從上面可見，正是由于共生菌占據了腸道菌群的主導地位，因此才能抑制條件致病菌不至于變為致病菌，并防止致病菌的侵擾。對于人體來說，維持腸道菌群處于正常的平衡之中，是保證機體健康的重要一環。若菌群結構發生異常，則可能帶來很多潛在的健康問題。