早在1907年，已有學者提出，飲用酸奶（含大量益生菌）可延年益壽的假說。人類其實早已在不知不覺中將益生菌使用了數世紀，各類發酵食品（比如中國人常吃的臭豆腐等）中就含有很多益生菌。近20年來，將由益生菌制成的微生態制劑用于防病、保健成了醫學界關注的熱點。

    現有的微生態制劑共有三大類：一是益生菌，也稱活菌制劑，能保持腸內菌群生態平衡，對宿主有益；二是益生元，能選擇性地刺激腸內一種或幾種有益菌生長繁殖，如膳食纖維、多糖等；三是合生素，益生菌與益生元共存的制劑。按功能分，微生態制劑有食品（如酸奶）、保健品（如昂立1號）和藥品（如培菲康、麗珠腸樂、整腸生等）三類。按劑型分，又有口服液、膠囊、粉劑、片丸劑及復合劑等多種。一般地說，同時含有多種益生菌的多菌制劑效果最好，大家在選購酸奶或保健品時，不妨挑選那些含菌種多的產品。

    從理論上說，任何人都需要維持腸道菌群的平衡，都需要補充益生菌。特別是兒童和老人，其腸道功能較弱，更需要多補充益生菌。但這并不意味著人人都需要服用保健品或藥品。對大多數人而言，食品是補充腸道有益菌群的好方法，最簡便易行的措施是多喝酸奶（每日250毫升）、多吃富含膳食纖維（即益生元）的食品（如蔬菜、水果、粗雜糧等）。對有慢性疾病（如糖尿病、腎病等）者而言，因這些疾病會損害腸道菌群，在飲食補充的基礎上，長期服用一些益生菌或合生元類保健品，效果更佳。因腸道菌群失調導致腹瀉、便秘、腹脹等問題者，則應在醫生指導下進行益生菌藥物治療。在微生態制劑治療消化道疾病的臨床應用中發現，益生菌可用于治療以下疾病, 1. 預防與治療腹瀉：包括兒童病毒性腹瀉（輪狀病毒感染）、旅游者腹瀉、抗生素相關性腹瀉等；2. 炎癥性腸病：可預防炎癥性腸病和用于炎癥性腸病恢復期的維持治療; 3.腸易激綜合征（ＩＢＳ）：ＩＢＳ患者常有腸道感染病史、腸道黏膜的免疫功能發生改變、腸黏膜敏感性及動力異常，研究證實,在使用益生菌后ＩＢＳ患者腹痛、便秘有明顯改善;4.急性胰腺炎：研究表明，急性胰腺炎早期予以腸內營養時加入益生菌可減輕病情，減少并發癥，縮短住院天數。5.酒精性肝硬化及非酒精性脂肪性肝病：應用不同菌株混合物可使酒精性肝硬化和非酒精性脂肪性肝炎患者的ＡＬＴ和γ－ＧＴ等功能指標好轉。